Η ενδομητρίωση είναι μια χρόνια φλεγμονώδης νόσος, στην οποία ιστός που μοιάζει με το ενδομήτριο, δηλαδή με την εσωτερική επένδυση της μήτρας, αναπτύσσεται εκτός της μήτρας, κυρίως στην περιοχή της πυέλου, όπως στις ωοθήκες, στις σάλπιγγες ή και στο έντερο. Κατά τη διάρκεια του έμμηνου κύκλου, αυτός ο ιστός συμπεριφέρεται με παρόμοιο τρόπο με το κανονικό ενδομήτριο: παχαίνει, αποδομείται και αιμορραγεί. Όμως, σε αντίθεση με το φυσιολογικό ενδομήτριο που αποβάλλεται με την έμμηνο ρύση, ο ιστός αυτός δεν έχει έξοδο από το σώμα. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα να προκαλείται φλεγμονή, πόνος και, σε ορισμένες περιπτώσεις, προβλήματα στη γονιμότητα.